På grunn av lav temperatur og lite nedbør, er innsjøisen på Svalbard svært kompakt og gjennomsiktig, samt at det legger seg lite snø oppå isen. Den relativt klare stålisen, sammen med lite snø, fører til at mye av lyset trenger gjennom isen og bidrar til en relativt høy primærproduksjon under isen.
I innsjøer som ligger i nedslagsfelt med betydelige isbreer (bresjøer), vil økt solstråling om sommeren føre til at store mengder breslam føres ut i innsjøene.
Årlig produksjon i innsjøer på Svalbard varierer sterkt med klimatiske forhold, først og fremst temperatur og snømengde. Det er likevel mangel på næringsstoffer, og ikke sollys og temperatur, som er den antatt viktigste enkeltfaktoren som begrenser primærproduksjonen i arktiske innsjøer. Unntaket er innsjøer som mottar store mengder næringsstoffer utenfra, for eksempel fra sjøfugl som hekker i nedslagsfeltet til innsjøene.
Svalbards sterke isolasjon, i kombinasjon med det arktiske klimaet, har gitt ferskvannslokaliteter med svært få arter av plankton og bunndyr. Røye er eneste ferskvannsfisk. Steinfluer, øyenstikkere, knott og vannkalver er blant noen av artene som finnes i de fleste innsjøene i Nord-Norge men som ennå ikke påvist på Svalbard.
De dominerende vannforekomstene er grunne (<2 m) dammer og småvann som er dannet av permafrost. Disse har ofte en høy produksjon av insekter og krepsdyr, kan være viktige biotoper for fugl, og er svært sårbare for opptining av permafrost. Disse permafrostdemmede dammene mangler normalt fisk fordi de bunnfryser om vinteren, mens det i stort sett alle innsjøene på Svalbard, som ligger nedenfor marin grense og ikke bunnfryser (er dypere enn 2 m), lever Svalbardrøye.